Фамилия Печеньков — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с едой, а с внешностью или характером. Вопреки первому впечатлению, корень здесь не от «печенья» — сладкое мучное изделие получило своё название лишь в XIX веке, а фамилия фиксируется раньше. Исходное слово — «печень» или, вероятнее, «печёнка». В русских говорах «печёнкой» называли не только орган, но и человека с болезненным, жёлтым цветом лица, а также того, кто постоянно зябнет или жалуется на живот. В ономастическом словаре Б. Унбегауна подобные фамилии от названий внутренних органов отнесены к разряду «анатомических» прозвищ — нелестных, но бытовых и точных.

Суффикс -ов указывает на стандартную патронимическую модель: Печеньков — сын Печенька. То есть сначала человека дразнили «Печень» или «Печёнка», затем это закрепилось как семейное прозвище, а уже в документах оформилось в фамилию. Могло быть и уменьшительное «Печенёк» — так в некоторых регионах называли человека маленького роста или тщедушного сложения. Встречается вариант написания через «ё» — Печёнков, но в официальных метриках XIX века чаще фиксировали через «е», что тоже нормально для фамилий на -ов.

Географически фамилия концентрируется в центральных и северных губерниях России: есть данные по Вологодской, Костромской и Вятской областям. В этих краях «печёнка» как прозвище могло означать и нерасторопного, вялого человека — от глагола «печься» (горевать, томиться). Встречается также версия, что основа — диалектное «печень» в значении «забота, хлопоты»; тогда Печеньков — потомок хлопотливого, суетливого мужика. Но эта гипотеза менее убедительна: прозвища от качеств характера реже образуются через отвлечённые существительные, чем через конкретные телесные признаки.

Среди однокоренных фамилий — Печёнкин, Печёнков, Печеньев, но Печеньков стоит особняком: в нём нет суффикса -к-, который обычно указывает на прямое уменьшительное (как в Печенькин). Форма на -ов здесь говорит о более ранней фиксации, возможно, ещё в допетровскую эпоху, когда прозвище «Печень» бытовало как самостоятельное имя. Никаких знаменитых носителей фамилии в истории не засветилось — это чисто крестьянская, неприметная фамилия, каких тысячи. Её носители, скорее всего, были простыми землепашцами или ремесленниками, которых прозвали за нездоровый вид или медлительность, а потомки уже не меняли прозвище на более благозвучное.