Фамилия Пердунец — редкий и выразительный пример того, как прозвище, данное за физиологическую особенность или привычку, закрепилось в качестве родового имени. Её основа — глагол «пердеть», и здесь не стоит искать эвфемизмов или иносказаний: в среде, где давались подобные прозвища, прямота ценилась выше благостности. Суффикс «-ец» типичен для украинской и южнорусской ономастики (сравните: Храпунец, Свистунец, Крикунец), он указывает на лицо — носителя действия. Таким образом, Пердунец — это «тот, кто пердит», человек, которого окружающие выделили по этой особенности.

В отличие от фамилий с суффиксами «-ов/-ев» или «-ин», модель на «-ец» часто сохраняла прозвище почти без изменений, не превращая его в притяжательное прилагательное (типа «Пердунов» — сын Пердуна). Это говорит о том, что фамилия могла закрепиться в среде казачества или вольных крестьян, где прозвища нередко переходили к детям напрямую, без дополнительной русификации. В документах запорожских реестров и переписей Южной Руси XVI–XVII веков встречаются аналогичные по структуре фамилии, что косвенно подтверждает возможное происхождение носителей с территории современной Украины или юга России.

Существует и альтернативная версия, связывающая фамилию с диалектным словом «пердун» — так в некоторых говорах называли гриб-дождевик (за характерный звук при лопании). Однако эта гипотеза слабее: прозвища по грибам давались реже, чем по поведению, к тому же суффикс «-ец» в этом случае выглядел бы натяжкой. Пердунец — это не «грибник» и не «торговец пердунами», а человек, чья физиология или манера поведения стала его ярлыком.

Из-за фонетической неблагозвучности фамилия всегда была малочисленной. В советское время многие носители могли сменить её на более нейтральные варианты (например, Пердунов или вовсе на Петров), поэтому в современных базах она встречается редко, в основном на юге России и в восточных областях Украины. Никаких известных исторических личностей с этой фамилией нет — и это логично: прозвище, данное за природную особенность, редко становилось пропуском в высшее общество.