Фамилия Пердунишь — редкий случай, когда прозвищная основа сохранилась почти без изменений. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от глаголов с помощью суффиксов -ов/-ев (Пердунов, Пердунков), здесь мы видим суффикс -ишь. Эта модель характерна для украинской и южнорусской традиции: она фиксирует прозвище в форме второго лица единственного числа повелительного наклонения или, реже, в форме настоящего времени. Буквально «Пердунишь» — это «ты пердунишь», то есть «ты испускаешь газы». Фамилия закрепила за предком насмешливое или ироничное прозвище, данное за физиологическую особенность или за манеру поведения.

Словообразовательная цепочка проста: основа «перд-» (общеславянский корень, означающий звук или процесс выпускания газов) + глагольный суффикс «-ну-» (однократное действие) + окончание «-ишь». В русских фамилиях на -ишь обычно переходят в разряд притяжательных (типа «Чей?» — «Пердунишев»), но здесь фамилия застыла в исходной глагольной форме. Это говорит о том, что носитель, скорее всего, был выходцем из регионов, где фамилии на -ишь, -ич, -ак, -ук были нормой — например, из Черниговской, Полтавской губерний или юга России (Курская, Воронежская области).

По социальному происхождению фамилия, скорее всего, относится к крестьянской или казачьей среде. Прозвища, связанные с телесными отправлениями, в народной среде не считались грубыми в современном смысле — они были частью бытового юмора и часто давались за громкий голос, хвастовство или неуклюжесть. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна подобные модели (Пердунов, Пердун) упоминаются как типичные для «бранных» прозвищ, но форма «Пердунишь» не зафиксирована — это либо поздняя паспортная запись, либо диалектный вариант.

Встречаемость фамилии крайне низкая. По открытым данным, носители сосредоточены в основном на юге России и в восточной Украине, что подтверждает гипотезу о южнорусском или украинском корне. В документах XIX века фамилия могла писаться через «ы» (Пердунышь) или с мягким знаком на конце — это зависело от грамотности писаря.