Фамилия Пердуняка звучит необычно и сразу привлекает внимание. Ее основа — глагол «пердеть», то есть «испускать газы». В старину это слово не было таким грубым табуированным ругательством, как сегодня, а использовалось в бытовой, иногда даже шутливой речи. Прозвище Пердун могли дать человеку с характерной физиологической особенностью, а чаще — в насмешку, чтобы подколоть медлительного, вялого или нерасторопного парня. В некоторых говорах «пердуном» называли также плохо работающий механизм или скрипучий предмет, но это уже вторичные значения.

Ключевая особенность фамилии — суффикс -як- (-ак-), который в украинской и южнорусской ономастике указывает на лицо, обладающее признаком, названным в корне. Сравните: Гуляка, Забияка, Кривляка. Пердуняка — это «тот, кто пердит», то есть человек, за которым закрепилось такое прозвище. Форма на -яка типична для украинских фамилий, но встречается и в белорусских, и в южнорусских (особенно курских, воронежских) землях. Фамилии с этим суффиксом часто давали не по отцу, а по самому человеку, его поведению или внешности.

Вероятнее всего, фамилия Пердуняка происходит из украинского языкового ареала. Украинский суффикс -як- (в мягком варианте -яка) активно образовывал прозвища и фамилии от глаголов и существительных. Встречается также вариант написания Пердуняк — без конечного -а, что характерно для западноукраинских говоров. В России фамилия редкая, встречается спорадически, в основном среди потомков переселенцев с Украины или в казачьей среде.

С точки зрения словообразования, фамилия прошла путь: прозвище Пердун → уменьшительно-уничижительная форма Пердуня (как «дурачок» от «дурак») → суффикс -як- → Пердуняка. То есть исходное прозвище могли «смягчить», а потом снова «усилить» суффиксом, что бывает в народной речи. В словарях украинских фамилий (например, у Ю. Редько) встречаются однокоренные: Пердун, Пердуненко, Пердуха. Фамилия Пердуняка — один из вариантов той же модели, но с характерным южнорусским или украинским окончанием.

Сословная принадлежность предков — скорее всего, крестьяне или казаки. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках фамилия встречается единично, что подтверждает ее народное, неофициальное происхождение. В советское время носители фамилии могли сменить ее на более благозвучную, но часть сохранила — как память о предке-острослове.