Фамилия Перекокин — редкий случай, когда прозвище сохранилось почти без изменений, а не превратилось в привычную «птичью» или «профессиональную» фамилию. Её основа — глагол «перекокать» или «перекокнуть», который в русских говорах означал «переломить, разбить, испортить ударом». В словаре Даля «кокать» — бить, стучать, а «перекокать» — перебить всё подряд. Прозвище Перекока, скорее всего, дали человеку неловкому или, наоборот, нарочно крушащему вещи — бойкому, неуёмному, возможно, драчуну.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Перекокин буквально означает «сын Перекоки». Это типичная модель для фамилий, образованных от прозвищ на -а, -я. В отличие от более распространённого -ов, суффикс -ин встречается реже и часто привязан к северным и центральным областям России. Географически фамилия Перекокин — явный маркер Вятки и прилегающих территорий: в метрических книгах XIX века она встречается в Котельничском, Орловском и Слободском уездах Вятской губернии. За Уралом и в Сибири она тоже есть, но как следствие переселения вятских крестьян в XIX веке.

Интересно, что фамилия избежала типичного «оглушения»: логично было бы ожидать Перекогин (от «кога» — вариант «кока»), но в основе лежит именно звукоподражательное «кок» — резкий удар, треск. Поэтому Перекокин — фамилия «звучащая», она прямо отсылает к действию, а не к предмету. Однокоренные Перекоков и Перекокин — разные фамилии: первая могла возникнуть от полной формы прозвища Перекок, вторая — от краткой.

Никакого отношения к «кокону» или «кокетству» фамилия не имеет, несмотря на внешнее сходство. Это чисто бытовое, крестьянское прозвище, и носители её — в основном государственные крестьяне и мещане Вятской губернии. В дворянских родословных Перекокины не числятся.