Фамилия Перетокин ведет начало от прозвища Перетока. В его основе — нарицательное слово, зафиксированное В. И. Далем в «Толковом словаре живого великорусского языка»: перетока — это «овца, переходившая год без ягненка». То есть животное, которое пропустило один приплод, а затем, как правило, снова давало потомство.

Прозвище это, скорее всего, относилось к женщине. В крестьянском быту, где число детей напрямую влияло на хозяйство, такой «пропуск» года был заметным событием. Перетокой могли назвать либо ту, кто долго не могла родить, либо, напротив, многодетную мать, у которой один раз случился перерыв. В обоих случаях прозвище цеплялось не в осуждение, а как меткая бытовая характеристика — по аналогии с хорошо знакомой всем крестьянам овцой.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: прозвище Перетока + патронимический суффикс -ин, который в русских фамилиях указывал на принадлежность: «чей?» — Перетокин, то есть сын или потомок Перетоки. Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ с окончанием на -а: если основа женского рода или оканчивается на гласный, суффикс -ин встречается даже у мужских прозвищ.

Родственную цепочку составляют фамилии Перетоков (с более распространенным суффиксом -ов) и Переточкин — от уменьшительной формы того же прозвища. Все они восходят к одному корню, связанному с глаголом «перетекать», но в данном случае не с водой или временем, а с пропуском годового цикла в приплоде скота.

Точных сведений о географии фамилии и известных носителях нет, но по модели образования она относится к пласту русских фамилий, сложившихся в сельской среде центральной России, где овцеводство было повсеместным. Фамилия редкая, и в этом ее ценность: она сохранила память о слове, которое почти исчезло из живого языка.