Фамилия Перетока звучит как прозвище, которое дали не случайно, а по характерному действию или месту. В её основе лежит глагол «перетекать» или «переток» — то, что переливается, переходит с места на место. Скорее всего, так в старину называли непоседливого человека, который не сидел на месте, менял занятия или часто переезжал. В говорах слово «перетока» могло означать и временный ручей, образующийся во время паводка, — тогда прозвище получал тот, кто жил у такого водного объекта.

Словообразовательная модель здесь нестандартная для русских фамилий. В ней нет привычного суффикса -ов или -ин. Фамилия застыла в форме существительного женского рода — так называемые «акающие» фамилии на -а, которые чаще встречаются на юге России и в Белоруссии. Сравните с фамилиями Мазепа, Голота, Вернигора: они тоже образованы от прозвищ-существительных без дополнительных суффиксов.

В украинском языке слово «перетока» имеет ещё одно значение — перегородка, запруда. Если предок носил такое прозвище, он мог быть мельником или строителем плотин на малых реках. В польском «przetok» — это канал для стока воды, что подтверждает гидронимическую версию. Так что у фамилии может быть два корня — либо характер человека, либо его ремесло, связанное с водой.

Фамилия редкая. Встречается в основном в западных областях России, а также в Белоруссии и на востоке Украины. В дореволюционных переписях её могли записать и как Перетока, и как Перетоков — в зависимости от грамотности писаря. Второй вариант — искусственно «обрусевшая» форма, когда к основе добавили суффикс -ов, чтобы фамилия звучала привычнее для северных губерний. Но исходный, более древний вариант — именно Перетока.

Ономастические словари (например, работы Б. Унбегауна) относят такие фамилии к группе прозвищных, возникших без участия патронимических суффиксов. Это значит, что фамилия Перетока — одна из старых, она могла закрепиться за родом ещё в XV–XVI веках, когда прозвища переходили к детям без изменения.