Фамилия Перепёкин — одна из тех, что сразу выдают прозвищное происхождение. В её основе лежит название птицы — перепел (в старом написании «перепёлка» или «перепёлок»). Суффикс -ин указывает на принадлежность: Перепёкин буквально означает «сын Перепёки» или «человек из рода Перепёки». Модель образования типична для русских фамилий, но интересна тем, что исходное прозвище было не от мужского имени, а от названия самки — «перепёка». В русских говорах так называли не только птицу, но и человека небольшого роста, юркого или обладающего писклявым голосом, похожим на крик перепела.

В отличие от более распространённой фамилии Перепелицын, которая образована от «перепелица» (самка перепела), Перепёкин сохраняет диалектное или устаревшее произношение с ударением на первый слог. В некоторых регионах, особенно в южнорусских говорах, слово «перепёка» бытовало как ласкательное или ироничное прозвище. Поэтому предок Перепёкин мог быть либо мелким и подвижным человеком, либо охотником, либо просто тем, кто держал перепелов или торговал ими.

Фамилия не относится к числу дворянских или аристократических — это типичная крестьянская или мещанская фамилия. Встречается она в основном в центральных и южных губерниях России, особенно в Рязанской, Тамбовской и Воронежской областях, где перепела были обычной промысловой птицей. В дореволюционных переписях можно найти Перепёкиных среди однодворцев и государственных крестьян.

С точки зрения ономастики, фамилия Перепёкин не имеет связи с глаголом «перепекать» (печь заново) — это народная этимология, которая возникает из-за созвучия. Настоящий корень — птичий, что подтверждается и параллельными фамилиями: Перепелов, Перепелицын, Перепёлкин. Последняя форма, кстати, встречается реже и считается более поздней или книжной.

В современном русском языке фамилия сохраняет ударение на третий слог — Перепёкин, хотя в ряде диалектов старшее поколение могло произносить её с ударением на первый слог. Это не ошибка, а отражение того, как звучало исходное прозвище.