Фамилия Перепеляков образована от прозвища или нецерковного имени Перепеляк. В основе лежит слово «перепел» — известная полевая птица. В славянской традиции прозвища, данные по названиям птиц, были очень распространены. Ими наделяли людей по сходству с повадками, внешностью или особенностями голоса. Перепеляком могли назвать невысокого, коренастого человека, либо того, кто обладал звонким, «перепелиным» голосом. Есть и другая, более приземленная версия: прозвище мог получить охотник на перепелов или птицелов.

Модель образования фамилии стандартна для русского севера, центра и востока: суффикс -ов присоединяется к основе Перепеляк-. Фамилии на -яков часто указывают на прозвища с уменьшительным или уничижительным оттенком (ср. Козляков, Зайчиков). Ударение в фамилии, скорее всего, падает на последний слог: Перепеляко́в, хотя в устной речи встречаются варианты.

Интересно, что в русских говорах слово «перепеляк» могло означать не только птицу, но и особый вид хлебного изделия — каравай с яйцом, запеченным внутри, который пекли на праздники. В этом случае прозвище могло закрепиться за пекарем или любителем такого угощения. Однако эта версия менее вероятна из-за большей распространенности «птичьих» прозвищ.

Фамилия не относится к самым частым, но встречается в разных регионах России, особенно в Поволжье и центральных областях. Встречается и вариант Перепеляков — без смягчения конечного согласного в основе, что может указывать на разную диалектную основу или просто на ошибку писаря. Однокоренные фамилии — Перепелкин, Перепелицын, Перепелов — имеют то же происхождение, но с разными суффиксами.