Фамилия Перепичкин — один из тех случаев, когда внешне прозрачная основа таит в себе неожиданный поворот. На первый взгляд кажется, что корень «перепичк-» связан с глаголом «перепичкаться» (поссориться, перебраниться) или существительным «перепичка» (перебранка, ссора). Эти слова действительно существуют в русских говорах, и прозвище Перепичка могли дать человеку сварливому, любящему затевать споры. Однако более вероятна другая, бытовая версия.

В народной речи «перепичка» могло означать нечто, что «перепекают» или «перепичкивают» — например, пережаренный хлеб или пирожок, который передержали в печи. Отсюда недалеко до прозвища пекаря или человека с соответствующей внешностью (например, румяного, «пропечённого»). Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: сын Перепички, то есть потомок человека, носившего такое прозвище.

Версия с «перепичкаться» (ссориться) тоже имеет право на жизнь, но слабее: для обозначения сварливого человека в русских фамилиях чаще использовали модели вроде Бранчихин, Сварливый или Ругачев. А вот «перепичка» как кулинарный термин встречается в диалектах Вологодчины и Архангельской области, что даёт нам географическую привязку. Фамилия Перепичкин — северорусская по происхождению, с типичным для тех мест суффиксом «-ин» (сравните: Перепечин, Пирожкин, Калачов).

Таким образом, с большой долей вероятности предок носителя фамилии был либо пекарем, либо человеком, получившим прозвище за сходство с пережаренным хлебцем. В любом случае, фамилия редкая и не попала в массовые сводки дворянских родов — её носители, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми Русского Севера.