Фамилия Перепучкин — редкий случай, когда прозвище почти наверняка связано не с характером или внешностью, а с конкретным, возможно, курьёзным действием. В её основе лежит глагол «перепучить» или, в диалектном звучании, «перепучкать». В говорах это означало «вздуть, надуть, сделать выпуклым» (от слова «пучить» — раздувать, коробить). Прозвище Перепучка могли дать человеку, который что-то перепучил — например, нечаянно вспучил тесто, испортил заготовку, или же, в переносном смысле, «надулся» от обиды или гордости.

Модель образования проста и типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность. Перепучкин буквально означает «сын Перепучки» или «человек из рода Перепучкиных». Суффикс -к- в основе (Перепуч-к-а) — характерный для прозвищ, часто с оттенком уменьшительности или бытовой шутки. Такие фамилии редко встречаются в дворянской среде: они крестьянские или мещанские, закреплялись за одной семьёй в конкретной деревне.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России — там, где диалектное слово «пучить» было в ходу. Встречаются также однокоренные фамилии: Пучин, Пучинкин, Перепучин. Но Перепучкин стоит особняком из-за приставки «пере-», которая подчёркивает избыточность действия или его результат. Скорее всего, предок носителя фамилии был известен в своей округе именно этим качеством или случаем — отсюда и прозвище, которое закрепилось на века.

Современные носители фамилии могут считать её необычной, но этимологически она прозрачна: это не искажённое иностранное имя и не сложная конструкция, а прямое указание на бытовую ситуацию из жизни предка.