Фамилия Перепона — редкий случай, когда корень слова сохранился почти без изменений, но сразу вызывает вопрос: при чём тут «преграда»? Прямой связи с современным значением слова «препона» (устаревшее «препятствие») нет, хотя внешнее сходство обманчиво. В основе фамилии лежит глагол «переть» (идти, двигаться, наступать) или его производные. В диалектах «перепон» могло означать нечто, что «прёт» — то есть настойчиво движется, или, наоборот, того, кто перепирает, спорит до упрямства. Есть и более бытовая версия: в некоторых говорах «перепона» — это перегородка, загородка, но в фамилии такое значение маловероятно, так как прозвища обычно давали по характеру или занятию, а не по предметам обихода без переносного смысла.

Суффикс -а в фамилии Перепона необычен для русской модели. Обычно фамилии оканчиваются на -ов, -ин, -ский, а здесь мы видим застывшую форму прозвища в именительном падеже. Это характерно для украинской или южнорусской традиции (сравните: Шевченко, Пономарь, а не Шевченков или Пономарев). Скорее всего, фамилия сформировалась на территории современной Украины или в южных областях России, где прозвища без дополнительных суффиксов нередко становились наследственными. В северных и центральных регионах такое же прозвище превратилось бы в Перепонов или Перепонин.

Социальный контекст тоже подсказывает: носители фамилии — не из дворянского сословия. Фамилии без суффикса принадлежности, как правило, закреплялись в крестьянской или казачьей среде. Перепоной могли назвать упрямого, настырного человека, который «прёт напролом», или того, кто постоянно перечит, «перепирает» в споре. В некоторых говорах «перепон» — это ещё и перевозчик, человек, который «перет» грузы, но эта версия менее распространена.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает уточнить картину. Есть фамилии Перепелов (от «перепел»), Перепёлкин — они звучат похоже, но корень другой. Ближе по смыслу Перепечин (от «перепечь», то есть пережарить) или Перепеча (от «перепекать»), но они тоже не родственны. Прямых аналогов с корнем «пер-» и значением движения много: Перепёров (от «переть»), Перепрятов, Перепьянов — но у них другие суффиксы. Перепона стоит особняком как редкий пример прозвища, ставшего фамилией без изменений.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные модели упоминаются как характерные для украинского ономастикона. В работе В. Никонова «География фамилий» фамилия Перепона не выделена, но по косвенным данным её концентрация возможна в Черниговской, Полтавской областях или в приграничных с Украиной районах России. Точных цифр нет, но фамилия определённо редкая и локальная.