Фамилия Перисаев — один из тех редких случаев, когда основа не лежит на поверхности и заставляет задуматься о происхождении прозвища. На первый взгляд она кажется образованной от личного имени или названия профессии, но при ближайшем рассмотрении выясняется, что корень здесь может быть связан с диалектным словом.

Самая вероятная версия отталкивается от слова «периса» или «переса». В южнорусских и украинских говорах так называли перец, причём не только пряность, но и само растение. Прозвище Перисай могли дать человеку с острым, «перчёным» языком, вспыльчивым характером или, наоборот, тому, кто торговал перцем. Суффикс -аев указывает на тюркское или кавказское влияние в оформлении фамилии: по модели «имя + аев» (как Абаев, Кудаев) часто возникали фамилии у народов, где притяжательный суффикс -ев присоединялся к основе, оканчивающейся на -а. В русской среде такая форма встречается реже, чем «Перисов», что делает Перисаева регионально или этнически окрашенной фамилией.

Менее убедительна, но возможна связь с греческим именем Пирис (Πύρρος — «огненно-рыжий»), которое через народную этимологию могло превратиться в Перис. Однако для этого пришлось бы допустить длинную цепочку изменений, что делает версию натянутой. Куда проще предположить, что перед нами прозвище, данное за остроту характера, — и тогда фамилия Перисаев означает «потомок Перисая», то есть человека, которого прозвали Перцем.

Географически фамилия тяготеет к югу России — встречается в Ростовской области, Краснодарском крае, а также среди донских и кубанских казаков. В старых метрических книгах XIX века попадаются единичные записи о Перисаевых в Воронежской и Астраханской губерниях. Это говорит о том, что фамилия никогда не была массовой, но сохранилась именно в тех местах, где диалектное слово «периса» было в ходу.