Фамилия Персий звучит необычно и сразу наводит на мысль о древнем персидском происхождении. Но в русской ономастике всё прозаичнее: это редкий случай фамилии, образованной напрямую от этнонима — названия народа «персы». В отличие от более привычных Персов, Перцев или Персидских, форма Персий сохранила книжный, почти античный оттенок.

Словообразовательная модель здесь простая и архаичная: основа «перс» плюс окончание -ий, которое в русских фамилиях обычно указывает на притяжательность или принадлежность (сравните: Божий, княжий). Однако в фамилиях такое окончание встречается редко и чаще всего в формах на -ский или -цкий. Персий — это, скорее всего, калька с греческого или латинского написания, либо результат семинарского происхождения. В духовных училищах и семинариях в XVIII–XIX веках ученикам нередко давали «благозвучные» фамилии по названиям древних народов, стран или библейских персонажей. Так появились Иудин, Еллинский, Ассирийский и, вероятно, Персий.

Версия с прямым прозвищем тоже возможна, но менее вероятна. Если бы предка прозвали Персом за смуглую кожу или восточные черты лица, фамилия скорее закрепилась бы как Персов (чей? — Персов сын) или Перцев. Форма Персий подразумевает не столько прозвище, сколько имя-характеристику, данное при крещении или записи в сословные списки. В метрических книгах XIX века эта фамилия встречается крайне редко, преимущественно в центральных губерниях России, среди мещан и духовенства, что подтверждает гипотезу о семинарском или искусственном происхождении.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на последний слог: Перси́й (как «Меркурий»). В разговорной речи иногда смещается на первый — Пе́рсий, но это уже влияние современного произношения. Споров о корне нет: основа бесспорно восходит к этнониму, но вот путь, которым это слово стало фамилией, отличает Персий от сотен других «географических» фамилий. Это не указание на место жительства, а скорее книжная метка, данная человеку по воле писаря или наставника.