Фамилия Перцуков — из числа тех, что образованы от прозвища, а не от крестильного имени. Основа здесь — слово «перец», и, скорее всего, предок получил уличное прозвище Перцук. В русских говорах «перцук» или «перцюк» могли называть человека с острым, колким, язвительным характером — «как перец». Реже так дразнили того, кто был смугл, черноволос или обладал горячим нравом.

Если смотреть на словообразовательную модель, то в фамилии Перцуков выделяется суффикс -ук, который в украинской и южнорусской традиции мог указывать на сына или ученика: Перцук — это «сын Перца» или «маленький перец». В таком виде фамилия и закрепилась, а затем прошла обрусение: на севере и в центре России к ней добавили типичный русский суффикс принадлежности -ов. Получилось Перцуков — «из рода Перцука».

Интересно, что фамилия эта редкая и почти не встречается в дворянских родословных. Её носители — скорее всего, крестьяне или посадские люди из южных или центральных губерний, где прозвища по характеру были особенно популярны. В отличие от фамилий, образованных от ремёсел (Кузнецов, Плотников), Перцуков не указывает на занятие — он целиком характеризует человека.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» есть упоминание корня «перец» в прозвищах, но отдельной статьи по Перцукову нет — это говорит о том, что фамилия локальная и не попала в общероссийские списки. Если встречать её в современных документах, то чаще всего на юге России, в Белгородской, Воронежской или Ростовской областях, где украинское влияние смешалось с русским.

Правописание фамилии устойчивое: через букву «у» после «ц» и с окончанием -ов. Вариант Перцеков возможен, но он бы указывал на другую модель — от слова «перцек» (уменьшительное) или от фамилии Перцов, искажённой под влиянием местного говора.