Фамилия Перцун — редкий случай, когда прозвище могло закрепиться в неизменном виде, минуя типичные русские фамильные суффиксы -ов и -ин. В основе лежит слово «перец», но не в прямом значении овоща, а как характеристика человека. Так на Руси называли людей с острым языком, язвительных, колких, «перчёных» в общении. Форма Перцун (с ударением на последний слог или на первый — зависит от региона) возникла по южнославянской или западноукраинской модели: суффикс -ун придаёт слову оттенок деятеля, носителя качества. В русском языке этот суффикс тоже встречается (бегун, крикун), но в фамилиях он характерен для территорий, где исторически смешивались русские, украинские и белорусские говоры.

География фамилии подсказывает, что её корни лежат на юго-западе — в Черниговской, Киевской, Гомельской областях, а также в Молдавии и Приднестровье. Там слово «перцун» могло бытовать и как прозвище, и как местное диалектное название для острого перца или даже для сварливого человека. Примечательно, что в украинском языке есть глагол «перчити» — говорить колкости, и фамилия Перцун могла образоваться от него напрямую, без промежуточного прозвища.

Есть и альтернативная гипотеза: в некоторых говорах «перцун» — это название растения (дикий перец, горец перечный). Тогда фамилия могла достаться травнику или человеку, жившему в местности, где такое растение росло в изобилии. Однако это объяснение менее вероятно: прозвища по характеру встречаются в ономастике гораздо чаще, чем названия растений.

Фамилия Перцун осталась в форме, близкой к исходному прозвищу, без переоформления в «Перцунов» или «Перцунин». Это говорит о том, что она закрепилась в среде, где не требовалось адаптировать фамилию под московские канцелярские стандарты. Сейчас носители фамилии рассеяны по всей России и Украине, но наибольшая плотность по-прежнему в южных и западных регионах.