Фамилия Пестринин — типичный пример того, как прозвище, данное одному человеку, закрепилось за его потомками в форме притяжательного прилагательного. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Пестринин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Пестрина. Основа здесь — не имя, а прозвище, образованное от прилагательного «пёстрый» или глагола «пестрить».

Что могло означать прозвище Пестрина? Самый прямой вариант — внешность. Пестриной могли назвать человека с рябым лицом (следы оспы), веснушчатого или просто пёстрого, пёстро одетого. В русских говорах слово «пестрядь» означало грубую пёструю ткань из льна и шерсти, а «пестрядинник» — крестьянина, носившего такую одежду. Таким образом, прозвище могло закрепиться за ткачом, торговцем или просто за человеком, чья одежда выделялась пёстрым узором.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «пестрина» в значении «пятно», «отметина», «особенность». В этом случае прозвище могло указывать на какую-то характерную примету во внешности или поведении, «пятно» в характере.

Фамилия Пестринин — относительно редкая. Встречается в основном в центральных и северных регионах России, особенно в бывших вотчинах Новгородской земли и Вологодчине. Это косвенно подтверждает, что прозвище возникло в крестьянской или посадской среде, где внешние признаки и ремесленные особенности давали самые меткие прозвища. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что говорит о её простонародном происхождении.

Родственными по корню фамилиями будут Пестров, Пестряков, Пестряев, Пестриков, Пестриков — все они образованы от разных форм того же прозвища. Но Пестринин выделяется именно суффиксом -ин, который в русской ономастике чаще встречается у фамилий, произошедших от слов женского рода (на -а). Это лишний раз подсказывает, что исходное прозвище звучало как Пестрина и принадлежало мужчине, а не женщине (в отличие, например, от фамилии Пестрин, которая могла образоваться от женского имени Пестря).