Фамилия Пикунёв — один из тех случаев, когда разгадка лежит на поверхности, но требует лингвистической осторожности. Первое, что бросается в глаза, — суффикс -ёв, который в русских фамилиях встречается реже, чем привычный -ов. Он указывает на происхождение от прозвища или имени, оканчивающегося на мягкий согласный или шипящий: Пикунь → Пикунёв. Ударение в фамилии падает на последний слог, что характерно для образований с этим суффиксом.

Основа «Пикун» — прозвище, которое, скорее всего, связано с глаголом «пикать» или «пикнуть» — издавать тонкий, резкий звук, похожий на писк. В русских говорах «пикун» могло означать человека с высоким, неприятным голосом, крикливого или плаксивого. Но есть и более конкретная версия: в некоторых диалектах «пикун» — это птенец или маленькая птица, которая постоянно пищит. Тогда прозвище могли дать невысокому, юркому человеку или, наоборот, тому, кто много и надоедливо говорил.

Менее вероятная, но упоминаемая в ономастических заметках версия — связь с тюркским корнем «пик» (крепкий, сильный) через уменьшительную форму. Однако суффикс -унь в русском языке почти всегда образует прозвища от глаголов (ворчун, молчун, пискун), так что версия с «пищать» выглядит надёжнее. Фамилия Пикунёв — яркий пример «фонетической» фамилии, где прозвище давали по характерному звуку, который издавал человек, — редкая черта, отличающая её от более распространённых «профессиональных» или «патронимических» фамилий.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России: встречается в Вологодской, Костромской, Кировской областях. В XIX веке носители фамилии были преимущественно крестьянами и мещанами. Сословной элиты среди Пикунёвых не было, что типично для прозвищных фамилий, не связанных с боярскими родами или духовенством. Интересно, что однокоренные фамилии — Пикунов, Пикулин — образованы от той же основы, но с разными суффиксами, что говорит о региональных вариантах одного прозвища.