Фамилия Пилипа — редкий случай, когда корень не прячется за типовым русским суффиксом. В ней нет окончания -ов или -ин, которое перерабатывало бы имя в отчество. Перед нами, скорее всего, украинская или белорусская фамилия, записанная в форме именительного падежа.

Основа — Пилип. Это народная форма крестильного имени Филипп. В украинском языке звук «ф» часто заменялся на «п», а двойное «п» упрощалось: Филипп → Пилип. Так что фамилия Пилипа — это не что иное, как имя Пилип, закреплённое за человеком или родом. По модели образования она похожа на украинские фамилии типа Сосюра, Шевчук, Гринь, где прозвище или имя стало родовым без дополнительных суффиксов.

Сложность в том, что окончание -а может указывать на разные вещи. В украинском языке это может быть форма именительного падежа мужского рода (Пилипа как аналог «Филиппа»). Но в русском языке такое окончание чаще маркирует женский род: чья-то жена или дочь Пилипа. Впрочем, в документах XVII–XVIII веков на украинских и белорусских землях фамилии на -а без суффиксов фиксировались и за мужчинами (например, Скоробогата, Кривонога). Поэтому носитель фамилии Пилипа мог быть как мужчиной, так и женщиной — в зависимости от контекста записи.

Географически фамилия тяготеет к западноукраинским и белорусским регионам, где форма Пилип была распространена. Встречается также в Польше (как Pilipa) — там это мог быть вариант записанного на слух имени. Интересно, что в некоторых говорах Пилипом называли не только человека, но и птицу-свиристеля — из-за характерного свиста. Но вероятнее, что фамилия всё же произошла от имени, а не от прозвища по птице.

Сравните с однокоренными: Пилипенко (сын Пилипа), Пилипчук, Пилипов. Фамилия Пилипа стоит особняком — она древнее по форме, не обросла суффиксами и сохранила звучание, близкое к исходному имени. Это типичный пример того, как личное имя стало фамилией без лишних переделок, что говорит о давнем закреплении прозвища в быту.