Фамилия Пинченко — характерный пример украинской модели образования на -енко, которая буквально означает «маленький» или «сын»: Пинченко = сын или потомок Пинчи. Этот суффикс в XVI–XVII веках массово вытеснял на Украине старые патронимы на -ович, поэтому фамилия относится к числу поздних, но очень распространённых по типу.

Основа фамилии — прозвище Пинча. Его происхождение неочевидно, и здесь возможны две версии. Первая, более прямая: от диалектного «пинча» — так в юго-западных говорах могли называть человека маленького роста, щуплого или похожего на пинчера (сравните с польским «pincz» — кроха, мелочь). Вторая версия — от названия реки Пина (приток Припяти в Брестской области) или города Пинск. Прозвище Пинча мог получить выходец из этих мест, а фамилия Пинченко указывала бы на его потомка. Пинск исторически был крупным центром Полесья, и переселенцы оттуда разносили прозвище по Украине и югу Беларуси.

В пользу географической версии говорит то, что в старой польской и литовской ономастике фамилии, образованные от названий городов, часто получали суффиксы -ук, -енко, -ович. Однако прозвищная версия с «маленьким человеком» тоже не слабее: в украинской антропонимии масса фамилий от физических характеристик (Малый, Сухой, Кривой), и Пинча отлично вписывается в этот ряд.

Социальный состав носителей фамилии Пинченко — в основном крестьянское и казацкое население Левобережной Украины (Черниговщина, Полтавщина), а также Полесья. В переписях XIX века фамилия встречается среди государственных крестьян и мещан, что типично для «енковских» фамилий, не закрепившихся в шляхетской среде. В России фамилия редкая и появляется в основном в XX веке с миграцией.

Интересная деталь: ударение в фамилии плавает. В украинском языке оно чаще падает на первый слог (Пи́нченко), в русском — на второй (Пинче́нко). Это не ошибка, а следствие адаптации к разным фонетическим системам.