Фамилия Пиньковская — редкий пример того, как прозвище, а не церковное имя, легло в основу родового именования. Она образована от прозвища Пинько с помощью типичного для украинских, белорусских и польских земель суффикса -ский/-ская, который изначально указывал на принадлежность к месту или роду: «Пиньковский» — «из рода Пинько» или «выходец из места, где жили Пиньки».

Само прозвище Пинько, по самой убедительной версии, связано с нарицательным «пенька» — грубым лубяным волокном из стеблей конопли, из которого вили веревки и ткали холстину. В этом случае Пиньком называли того, кто мял, трепал или продавал пеньку, то есть ремесленника или торговца. Но у прозвища есть и второй, бытовой смысл: так могли прозвать жесткого, неуступчивого человека — по аналогии с жестким волокном. Нельзя полностью исключать и шутливый вариант: Пиньком дразнили любителя молочных пенок, хотя эта версия кажется менее весомой.

Существует и другая гипотеза, но она заметно слабее. Согласно ей, Пинько — краткая просторечная форма редких мужских имен Пеон (от греческого paionios — «врач, целитель») и Феопент (от греческого theos — «бог» и pempo — «посылать»). Однако для просторечных форм в русской традиции типичнее суффиксы -ша, -ня, -ха (Пеоня, Феоша), а форма Пинько больше похожа на усеченное прозвище от нарицательного слова, поэтому лингвисты склоняются к «пеньковой» версии.

Фамилия Пиньковская сохранила женскую форму, которая в славянской традиции закрепилась за дочерью или женой Пиньковского. Мужской вариант — Пиньковский — встречается в записях на территории современной Украины и юга России, что подтверждает западнорусское происхождение фамилии. Форма с -ская, а не с -ова или -ина, говорит о том, что фамилия оформилась в среде шляхты или казачества, где был принят именно этот словообразовательный тип.