Фамилия Пинтаков — типичный пример образования через суффикс -ов, указывающий на принадлежность: «чей?» — Пинтаков, то есть сын или потомок Пинтака. Основа здесь — прозвище Пинтак. В русском языке суффикс -ак (-як) часто давал прозвища по характерному признаку: от глагольных форм, названий профессий или поведенческих черт. В данном случае корень «пинт-» ведёт к двум основным версиям.

Первая, самая вероятная, — от слова «пинта», которое в южных и западных говорах (украинское, белорусское влияние) могло означать меру жидкости, наподобие четверти ведра или кружки. Прозвище Пинтак могли дать либо человеку, торгующему вином или пивом в розлив (шинкарю), либо любителю выпить, либо тому, кто носил характерную флягу. В некоторых диалектах «пинта» — это и ёмкость, и её содержимое, так что прозвище легко прилипало к бондарю или целовальнику.

Вторая версия, менее распространённая, связывает корень с тюркским «пинт» (пятно, крапинка) или с диалектным «пинтать» — толкать, пихать. Но для фамилии Пинтаков первая версия надёжнее, так как суффикс -ак в русских фамилиях чаще образуется от существительных, а не от глаголов. Фамилия редкая, не встречается в дворянских родословных книгах, что указывает на её крестьянское или мещанское происхождение. Географически Пинтаковы чаще встречаются в южнорусских областях и на Украине, что подтверждает связь с местными говорами. В словарях фамилия не фиксировалась как широко известная, поэтому точных дат и имён первых носителей нет — это типичная «народная» фамилия, возникшая в XVII–XIX веках в среде простых сословий.