Фамилия Пипкас — редкая, и её происхождение сразу ставит перед исследователем вопрос: это исконно русская фамилия или заимствованная? Скорее всего, перед нами литовская или жемайтийская фамилия, которая вошла в русский обиход через контакты с прибалтийскими народами. В литовском языке основа pipk- восходит к слову «pypkė» — «трубка» (курительная). Суффикс -ас типичен для литовских фамилий мужского рода (как в фамилиях Паулаускас, Буткус). Таким образом, Пипкас — это «трубочник», то есть человек, который делал курительные трубки, торговал ими или же просто получил прозвище за привычку курить трубку. Встречается и вариант от «pypkas» — «капризный, плаксивый человек», что тоже могло закрепиться как прозвище.

Если же рассматривать фамилию как редкую русскую, образованную по модели прозвищ на -кас, то это форма, характерная для северных и сибирских говоров, где суффикс -кас мог означать человека, склонного к чему-либо. Но без географической привязки к конкретным русским сёлам эта версия слабее. Гораздо надёжнее считать Пипкас фамилией балтского происхождения, попавшей в русскую среду, вероятно, из Литвы или из бывших польско-литовских территорий (например, из Виленской или Ковенской губерний). В таком случае фамилия не имеет славянского корня и не связана с русским словом «пипка» (которое само по себе заимствовано из польского или немецкого).

Словообразовательно фамилия проста: корень Пипк- и фамильный суффикс -ас (в русском написании — -ас). Ударение, по всей видимости, на первый слог: Пи́пкас. В русском бытовании фамилия могла склоняться по мужскому роду как существительное второго склонения (Пипкаса, Пипкасу), хотя в исходном литовском языке она склонялась бы иначе. Социально носители такой фамилии — скорее всего, ремесленники или крестьяне, получившие прозвище по занятию или внешнему признаку. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что типично для поздних фамилий, возникших из прозвищ в среде простого люда.