Фамилия Пирит — один из тех редких случаев, когда версия о происхождении от названия минерала (серный колчедан, FeS₂) выглядит наименее правдоподобной, хотя именно она первой приходит на ум. Минерал пирит получил своё название от греческого «пир» — огонь, из-за способности высекать искры при ударе. Но фамилия Пирит в русской среде не могла возникнуть из прямого прозвища «камень»: в крестьянской и мещанской среде минералогические термины в качестве личных имён или прозвищ не употреблялись. Скорее всего, мы имеем дело с искажённой или адаптированной фамилией иноязычного происхождения.

Гораздо вероятнее, что основа фамилии — греческое имя Пирр (Πύρρος, «рыжий», «огненно-красный») или его производные. В греческой ономастике имя Пирр известно с античности (царь Эпира Пирр, знаменитый «пирровой победой»). В православных святцах это имя не прижилось, но в южнославянских и греческих диалектах бытовали формы Пирид, Пирит, Пирич. Фамилия Пирит могла быть русифицированным вариантом болгарской или сербской фамилии Пирич или Пирид: переосмысление окончания под русское «-ит» (как в словах «бандит», «эмигрант») — типичный процесс при переселении.

Есть и вторая, более прозаичная версия: фамилия могла возникнуть от прозвища Пыря или Пиря — человека, который «пыряет» (тычет, колет), то есть драчливого или работающего с острыми инструментами. В диалектах северо-запада России слово «пирить» означало «толкать, пихать». Тогда Пирит — это патроним (отчество) от прозвища Пиря с суффиксом -ит, который в некоторых говорах заменял стандартное -ов/-ин. Такая модель встречается в тверских и псковских фамилиях.

Географически фамилия Пирит крайне редка. Её носители встречаются в основном на юге России и в украинских областях, что косвенно подтверждает греко-балканский след. В дореволюционных метрических книгах фамилия почти не фиксируется — это говорит о её позднем оформлении (конец XIX — начало XX века) или о сильном изменении написания. Возможно, исходная форма была Пырит, Пирид или даже Перит (от греческого Периклис), а современное написание закрепилось случайно при паспортизации.

Итог: фамилия Пирит, скорее всего, не имеет отношения к минералу, а восходит либо к греческому имени Пирр (через балканское посредничество), либо к русскому диалектному прозвищу от глагола «пирить». Однозначного ответа нет, но в обоих случаях за фамилией стоит не «камень», а человек — рыжий, вспыльчивый или колкий на язык.