Фамилия Пирун звучит необычно для русского уха, но её происхождение проще, чем кажется. В основе лежит слово «пирун» — так в некоторых южнорусских и украинских говорах называли тот самый корнеплод, который мы знаем как «пастернак». Сейчас пастернак у нас в тени моркови и петрушки, а в XVIII–XIX веках его широко сажали в огородах и добавляли в супы и похлёбки. Человек, получивший такое прозвище, мог либо торговать этим овощем, либо возделывать его, либо просто выделяться какой-то чертой, которую окружающие связывали с этим растением — скажем, белизной кожи или крепким здоровьем.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. В русской системе фамилий на -ин обычно образуются от основ на -а/-я (Пирун → Пирунин), а на -ов — от основ на согласный (Пирунов). Но фамилия закрепилась в виде чистой основы — Пирун. Такая «нулевая» суффиксация встречается у прозвищных фамилий, которые не успели или не захотели обзавестись стандартным окончанием. В украинской и белорусской традиции это обычное дело: там фамилии вроде Коваль, Гончар, Бондарь — сплошь и рядом. Пирун, скорее всего, пришёл из малороссийской среды, где пастернак называли именно так.

Есть и другая версия, хотя и менее убедительная. В некоторых диалектах «пирун» — это искажённое «пирон», то есть остриё, шип, колючка. Тогда прозвище могло относиться к человеку с острым языком или колючим характером. Но против этой гипотезы говорит то, что форма «пирун» в значении «шип» почти не зафиксирована в письменных источниках, а вот как название пастернака — встречается.

Географически фамилия тяготеет к западу и югу России, а также к Украине. В XIX веке носители Пирунов чаще всего были крестьянами и мещанами из Черниговской, Полтавской и Курской губерний. Среди однокоренных фамилий — Пирунов, Пирункин, а также украинские варианты вроде Пируненко. Все они восходят к одному и тому же корню, просто обросли разными суффиксами в зависимости от региона и времени записи в метрические книги.