Фамилия Пищальникова образована от прозвища дальнего предка — Пищальник. Основа здесь — слово «пищаль», а у него на Руси было два главных значения: музыкальный инструмент вроде дудки, сопели или свирели, а также огнестрельное оружие, то есть пушка или ручная пищаль. Поэтому прозвище могло достаться человеку по разным причинам: либо он был мастером, делавшим пищали-орудия, либо умелым стрелком из них, либо музыкантом, игравшим на пищали-дудке.

Словообразовательная модель простая и типичная для русских фамилий: к основе Пищальник добавили типичный «семейный» суффикс -ов, а затем и окончание -а, указывающее на принадлежность женщине или роду в целом. Так что в строгом смысле фамилия Пищальникова — это форма женского рода, а изначальная, «мужская» версия звучит как Пищальников. Потомок человека с прозвищем Пищальник со временем получал фамилию, отвечая на вопрос «чей будете?» — пищальниковы, то есть люди из рода Пищальника.

Существует и менее вероятная версия, которую, впрочем, стоит упомянуть для полноты картины. В некоторых говорах пищальником называли черемуху, а потому в основе фамилии могло лежать нецерковное имя Пищальник, данное человеку по названию растения. Но эта гипотеза выглядит заметно слабее: слишком уж распространены были на Руси прозвища по ремеслу и оружию, и слишком редко деревья давали имена людям в такой форме.

Исторические источники подтверждают, что родственные прозвища бытовали уже в XV веке. Известный исследователь С. Б. Веселовский в своих трудах упоминает Пищалина Игната, зафиксированного в 1482 году в Московском уезде, а также Марка, крестьянина из Новгорода, относящегося к 1495 году. Кроме того, встречается и более раннее упоминание — Пищаль Иван Родионович Квашнин, живший в середине XV века. Эти записи показывают, что корень был живым и активно использовался в прозвищах задолго до того, как фамилии закрепились окончательно.

Интересно, что фамилия Пищальникова не единственная в этом ряду. Однокоренные варианты — Пищальников, Пищалин, Пищалев — встречаются в разных регионах России, что говорит о широкой географии прозвища. Однако именно форма с суффиксом -ник и последующим -ов указывает на человека, который непосредственно имел отношение к пищали: делал её, играл на ней или стрелял из неё.