Фамилия Плахинов — одна из тех, что хранит в себе разговорное слово, почти забытое сегодня. В её основе лежит прозвище Плаха, Плахой или Плахиня. В русских говорах «плахой» — это не столько «плохой», сколько «неудачливый», «несчастный», или же «худой», «тощий». В некоторых диалектах «плахой» означало «робкий», «застенчивый». Так могли прозвать человека незлого, но невезучего, или же того, кто выделялся слабой, щуплой фигурой.

Суффикс -ин указывает на модель образования от существительного или прозвища на -а/-я: Плахинов — буквально «сын Плахи» или «из семьи Плахиных». Это типично для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин столь же распространены, как и на -ов. Если бы основа была Плаха, то форма Плахов встречалась бы реже — суффикс -ин здесь «прирос» к основе, создав редкую огласовку.

Есть и другая, менее вероятная версия: от имени Платон через его уменьшительную форму Плаха. В народе Платона могли называть Плахой, и от этого сокращения пошла фамилия. Но в таком случае ожидалось бы больше вариантов вроде Платонов или Плахин, а Плахинов — скорее прозвищное образование, чем патронимическое.

На письме фамилия встречается с разным ударением — на первый или второй слог, что характерно для фамилий на -инов. В исторических документах XVII–XVIII веков Плахины изредка фиксируются среди крестьян и посадских людей на Русском Севере, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях. Там слово «плахой» в значении «тощий» было в ходу, и прозвище могло закрепиться за человеком с характерной внешностью.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Плахов, Плахин, Плашкин — показывает, что Плахинов стоит особняком: у него двойной суффикс, что редкость. Это указывает на то, что фамилия могла возникнуть не от прямого прозвища, а от родового имени Плаха, к которому добавили -ин для обозначения принадлежности. Такой способ словообразования встречается в фамилиях, которые закрепились за целыми семьями, а не за одним человеком.