Фамилия Плескунин — редкий пример того, как прозвище, связанное с водой, закрепилось в русской ономастике. В её основе лежит глагол «плескать» или существительное «плеск» — звук, который издаёт вода при ударе, волнении. Носитель прозвища Плескун или Плескуня мог быть человеком, который живёт у воды, работает на реке или отличается шумным, бурным нравом, «плещется» в разговоре и делах.

Словообразовательная модель фамилии — суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — сын Плескуни. Само прозвище Плескуня образовано с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -ун(я), который часто давал прозвища по характерному действию (крикун, ворчун, молчун). В говорах «плескун» могло означать не только человека, но и предмет — например, рыбу, которая плещется у поверхности, или даже водяного в народной демонологии.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где реки и озёра — часть повседневного быта. Встречается в Вологодской, Архангельской, Кировской областях, а также в старых переписях Пермской губернии. Сословной привязки нет: прозвище могли дать и крестьянину, рыбачившему на реке, и бурлаку, и просто шумливому соседу.

Однокоренные фамилии — Плескунов, Плескачёв, Плескач — различаются суффиксами, но все восходят к тому же звуковому образу. Вариант Плескунин сохранил архаичную форму с суффиксом -ин, что говорит о древности прозвища: в XVI–XVII веках такие фамилии уже фиксировались в писцовых книгах. Другие версии, например связь с диалектным «плеска» (сплетня), менее убедительны — основное значение остаётся водным.

В современных справочниках фамилия редкая, не входит даже в сотню тысяч самых распространённых. Это значит, что у её носителей, скорее всего, общий предок, получивший прозвище несколько веков назад — возможно, на одном из северных притоков Волги или в бассейне Северной Двины.