Фамилия Плескунины образована от прозвища Плескун. В основе лежит глагол «плескать» или производное от него существительное «плеск». Плескуном в русских говорах могли называть человека, который шумно плещется в воде, ходит по лужам, неаккуратно обращается с жидкостью. Но есть и другая, более конкретная версия: в некоторых регионах так говорили о рыбе, которая бьётся на поверхности воды, или о птице, например, о водоплавающей. Соответственно, прозвище могло закрепиться за рыбаком, охотником на водную дичь или за человеком с беспокойным, «плещущим» характером.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Плескунин — это сын Плескуна, потомок человека с таким прозвищем. Модель образования типична для русских фамилий, особенно распространённых в северных и центральных губерниях. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще образовывались от имён и прозвищ на твёрдый согласный, -ин характерен для основ на -а, -я. Здесь основа «Плескун» даёт форму родительного падежа «Плескуна», отсюда и фамилия.

Фамилия редкая, не относится к числу распространённых дворянских. Скорее всего, Плескунины — это крестьяне или мещане. Встречается фамилия преимущественно в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает связь с водным промыслом: Волга, Кама, уральские реки давали много возможностей для рыбалки и охоты. В документах XVIII–XIX веков Плескунины фиксируются среди государственных крестьян и мастеровых людей на заводах.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Плескачёв, Плесканов, Плешков — показывает, что корень «плеск» дал несколько вариантов прозвищ. Плескунин стоит особняком: суффикс -ун подчёркивает деятеля, склонного к действию, а не просто качество. Поэтому, если Плесканов мог быть назван за внешний признак (плешь, лысина, от «плешь»), то Плескунин — за поведение или занятие.