Фамилия Плуто — редкий случай, когда основа не оставляет сомнений в прозвищном происхождении, но заставляет гадать, за что именно предка так прозвали. В основе лежит нарицательное «плут» — человек хитрый, ловкий, склонный к обману. Однако в старых говорах у этого слова был и другой, менее известный оттенок: «плутом» могли назвать не мошенника, а удачливого, изворотливого в делах человека, того, кто умеет «выходить сухим из воды». Поэтому фамилия могла закрепиться как за нечистым на руку торговцем, так и за просто ловким и предприимчивым крестьянином.

Фамилия образована по простой модели: к основе «плут» добавлен суффикс -о, который в русской ономастике встречается нечасто. Обычно так оформляли прозвища, которые затем становились фамилиями без дополнительных прибавлений (как, например, фамилии Хитро, Злобно). По сути, Плуто — это застывшее прозвище в именительном падеже. Такая форма характерна для украинской и белорусской традиции (сравните: Шевченко, Коваль), но встречается и в южнорусских регионах, где было сильно малороссийское влияние.

В русской среде фамилия чаще всего оформлялась бы как Плутов или Плуткин. Форма Плуто указывает на то, что предок, скорее всего, жил на территории современной Украины, Беларуси или в приграничных русских землях (Курская, Воронежская губернии). Там прозвища на -о не переделывали в фамилии на -ов, а оставляли как есть, и они передавались по наследству в неизменном виде.

Стоит отличать русскую фамилию Плуто от итальянской фамилии Pluto, которая происходит от латинского Pluto (Плутон) и никакого отношения к русскому «плуту» не имеет. В России носители фамилии Плуто — почти наверняка потомки того самого прозвища. Никакого отношения к планете или богу подземного царства у этой фамилии нет, хотя в эпоху интернета такие ассоциации возникают часто.

Сословное происхождение фамилии определить сложно: прозвище «плут» мог получить и крестьянин, и мещанин, и даже дворовый человек. Сведений о массовом бытовании фамилии в дворянских родах нет — это, скорее всего, фамилия простого люда, возникшая в среде, где меткое слово ценилось выше благозвучия.