Фамилия Плюшков — яркий пример того, как прозвище, данное по внешности или характеру, закрепилось в родовом имени. В основе лежит слово «плюшка»: так в русских говорах называли не только сдобную булочку, но и полного, мягкого, упитанного человека. Второе значение — «плюха», оплеуха, что могло указывать на драчуна или человека, который часто получал тумаки. Прозвище Плюшок или Плюшка легко превращалось в фамилию по стандартной модели: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть сын Плюшка.

Словообразовательная цепочка проста: корень плюш- (от «плюхать», «плющить»), суффикс -к- (уменьшительно-пренебрежительный) и типичный русский фамильный суффикс -ов. Такая модель характерна для крестьянских и мещанских фамилий центральной России, которые складывались в XVII–XIX веках. В отличие от фамилий на -ин (от основ на -а/-я), Плюшков образован от слова мужского рода «плюшок», хотя в быту прозвище могло звучать и как Плюшка — для мужчины это было вполне обычно.

Географически фамилия тяготеет к северо-западным и центральным областям: Плюшковы встречаются в архивных записях по Тверской, Новгородской, Вологодской губерниям. В этих краях «плюшкой» называли лепёшку из пресного теста, а в переносном смысле — нерасторопного, добродушного человека. Интересно, что фамилия не связана с тканью «плюш» (немецкое Plüsch), которая пришла в русский язык позже, в XVIII веке, и дала фамилии Плюшев, Плюшкин — совсем другого корня.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» Плюшков отнесён к группе фамилий от прозвищ, образованных от названий пищи и утвари. Споров вокруг этимологии почти нет: версия с «плюхой» менее вероятна, так как в говорах «плюшка» в значении «оплеуха» — скорее исключение, чем правило. Основное значение — «полный, мягкотелый человек» — подтверждается и однокоренными фамилиями: Плюхин, Плющаков. Носитель фамилии Плюшков, скорее всего, потомок крестьянина или ремесленника, которого в деревне прозвали за дородность или спокойный нрав.