Фамилия Початенко звучит на южнорусский и украинский лад, и это не случайно. Её выдает суффикс -енко, который в XVI–XVIII веках был главным маркером «сына» или «потомка» в среде запорожского казачества и крестьянства Поднепровья. Позже такие фамилии закрепились на Слобожанщине, Кубани и в южных губерниях России. Основа здесь — прозвище Початый или Початок.

Слово «початый» в древнерусском и украинском языках означало «начатый, тронутый, нецелый». Так могли назвать человека, который родился первым в семье (початый — то есть положивший начало), либо того, кто имел физический недостаток — например, без пальца или с изъяном, как «початый» кусок. В украинском языке есть и прямое значение: «початок» — это кукурузный початок, но прозвище от этого слова маловероятно: для прозвищ обычно брали не названия растений, а их плоды (Гарбуз, Кабак) или характеристики.

Более правдоподобна версия, что Початенко — это «внук» или «сын» человека по имени Початок, которое могло быть уменьшительной формой от крестильного имени (например, Потап, Пахом или Порфирий) с заменой корня на созвучное простонародное слово. В украинской антропонимии нередко «перекраивали» церковные имена до неузнаваемости: Потап превращался в Потько, а оттуда — один шаг до Початко.

Фамилия редкая, в дореволюционных переписях встречается в основном в Полтавской и Харьковской губерниях, а также среди казаков Черниговщины. После переселений XIX века носители Початенко могли осесть на Кубани и в Ставрополье. Дворянского происхождения у этой фамилии нет — это типичная крестьянско-казачья фамилия, образованная по живой модели «прозвище + -енко» без участия официальной администрации.