Фамилия Початун — редкий случай, когда суффикс указывает на географию точнее, чем корень. Окончание -ун характерно для западнорусских и украинских земель, особенно для Волыни, Подолья и Полесья. В украинской ономастике суффикс -ун часто образует названия людей по действию или характерному признаку (крикун, хвастун), но в фамилиях он нередко закреплял прозвище, данное за манеру поведения или профессию.

Основа «Почат-» ведет к глаголу «почати» — начать. В украинском и белорусском языках «початок» означает начало, а «почаття» — зачатие. Прозвище Початун могли дать человеку, который всё начинал первым: зачинщику дел, инициативному работнику, запевале в хоре. Вторая версия — бытовая: так могли называть первенца, «початого» ребенка, то есть первого в семье. В польском языке есть слово «początek» с тем же значением, что не исключает и польского следа фамилии, особенно в регионах бывшей Речи Посполитой.

Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская. Суффикс -ун редко встречается у русских фамилий дворянского происхождения, которые чаще оформлялись через -ов/-ев или -ский. Початуны, скорее всего, были свободными земледельцами или ремесленниками на западе Российской империи. Встречаемость фамилии крайне низкая: основные очаги — Волынская и Хмельницкая области Украины, а также юг Беларуси. В России носители единичны.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает точнее понять корень. Початкин, Початков — это явные «русские» варианты с суффиксами -ин и -ов, они распространены шире. Початун же сохранил местный словообразовательный тип, который не «обрусел» при переписях. Фамилия не меняла форму при склонении: в документах XIX века она фиксировалась как Початун, без наращения -а в родительном падеже (не «Початуна», а «Початун»), что типично для украинских фамилий на согласный.

В дореволюционных метрических книгах фамилия встречается в написании «Початунъ» с твердым знаком на конце. Вариант «Початун» без ъ закрепился после реформы орфографии 1918 года. Альтернативная версия, связывающая фамилию с румынским «poiată» (луг, пастбище), маловероятна — ареал фамилии лежит в стороне от румынского языкового влияния, и фонетически слово «початун» не объясняется через румынский.