Фамилия Подолий звучит нечасто, и сразу бросается в глаза её окончание. В русской традиции фамилии на -ий (Толстой, Благой) обычно имеют прилагательное происхождение, но здесь корень указывает на географию. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от названия местности — Подолье. Это историческая область на юго-западе Украины, раскинувшаяся между Днестром и Южным Бугом. Человек, переселившийся оттуда, мог получить прозвище «Подолий» — то есть «тот, кто с Подолья». Такая модель типична: называли не по деревне, а по целому региону.

Суффикс -ий здесь работает как притяжательный или характеризующий, аналогично фамилиям вроде Задорожний или Межгорский. В украинской ономастике фамилии на -ий встречаются чаще, чем в великорусской, и Подолий — один из характерных примеров украинской фамильной модели. Могло быть и так, что основой стало не региональное прозвище, а прозвание по месту жительства в конкретном селе с названием Подол или Подолье — таких сёл на Украине и в Белоруссии немало.

Менее вероятная, но возможная версия — связь со словом «подол» в значении «нижняя часть одежды» или «низкое место у реки». В таком случае фамилия могла бы указывать на занятие портного или на жителя низины, но эта гипотеза уступает географической: слишком много однотипных фамилий (Волынь, Полещук, Подоляк) подтверждают привязку к Подолью. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования разбираются именно как топонимические.

Фамилия не была дворянской — её носителями в XIX веке были преимущественно крестьяне и мещане из юго-западных губерний Российской империи. Встречается она и сегодня, но остаётся редкой: по открытым данным, в России её носят несколько сотен человек, сосредоточенных в Краснодарском крае, Ростовской области и Москве — что логично, если учесть миграционные потоки с Украины.