Фамилия Покиданец — редкая и нестандартная по своему словообразованию. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев или -ин, она заканчивается на суффикс -ец. Такая модель часто указывает на прозвище, обозначавшее человека по его характерному действию или свойству: «покиданец» — тот, кто покинул, оставил что-то или кого-то.

Самая прямая версия — происхождение от глагола «покидать» в значении «оставлять, бросать». Прозвище Покиданец могли дать человеку, который ушёл из родных мест, переселился в другую деревню или область. В условиях крепостного права, когда самовольный уход от помещика был бегством, такое прозвище могло закрепиться за беглым крестьянином или за тем, кто «покинул» семью, хозяйство. Однако не стоит понимать это буквально как осуждение: в среде переселенцев, осваивавших новые земли (например, на юге России или в Сибири), «покиданцами» могли называть тех, кто ушёл с насиженного места первым, положив начало новому поселению.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с украинским или белорусским контекстом. В этих языках «покидати» означает и «оставлять», и «бросать», а суффикс -ец там продуктивен для образования названий лиц. В таком случае фамилия могла возникнуть на западнорусских территориях, где переселенческие процессы тоже были активны.

С точки зрения географии, фамилия Покиданец не массовая. Чаще всего она встречается на Украине (особенно в восточных и центральных областях) и на юге России — в Краснодарском крае, Ростовской области. Это косвенно подтверждает версию о переселенческом прозвище: именно в этих регионах шло активное заселение в XVIII–XIX веках.

Среди однокоренных фамилий — Покидов, Покидаев, Покидько. Но Покиданец стоит особняком: суффикс -ец придаёт ей оттенок «лица по действию», а не «сына такого-то». Это не патроним (как Иванов), а прозвище, застывшее в фамилии. Социально фамилия, скорее всего, крестьянская или казачья — в дворянских родах такие «говорящие» прозвища на -ец почти не встречаются.