Фамилия Поконечных — редкий пример, который сразу выдаёт географию и социальную среду происхождения. Это типичная «северная» фамилия, образованная по модели родительного падежа множественного числа с окончанием -их/-ых. В русской ономастике такие фамилии называют «архангельскими» или «сибирскими»: они характерны для бывших черносошных (государственных) крестьян Севера, Поморья и некоторых областей Сибири. В отличие от дворянских и церковных фамилий на -ский, или крестьянских центральной России на -ов/-ев, форма Поконечных закрепилась в среде, где фамилию воспринимали как указание на принадлежность к целому роду: «из дома Поконечных».

Основа фамилии — прозвище Поконный или Поконец. Самое прямое объяснение: «покон» в старых русских говорах означал «обычай», «закон», «начало», «ряд». Поконечный человек — тот, кто живёт по старине, по устоявленному порядку, либо же, наоборот, зачинщик, первый в каком-либо деле. Слово «покон» встречается в древнерусских юридических текстах («Покон вирный» — устав о штрафах), так что прозвище могло достаться человеку строгих правил или знатоку обычаев.

Возможна и более приземлённая версия, связанная с расположением дома. В северных деревнях «концом» называли часть села или улицы. Поконечный — живущий в самом конце, на отшибе. Суффикс -ечн- как раз указывает на отношение к месту. Фамилия Поконечных могла закрепиться за семьёй, которая обосновалась на краю поселения, «у покона» — у предела.

Сравнение с однокоренными фамилиями подтверждает эту двойственность. Есть фамилия Поконов (от «покон» как обычай), есть Поконцев (от «поконец» — крайний), а Поконечных стоит особняком благодаря архаичной патронимической форме. Если Поконовы могли быть центральнорусскими, то Поконечных — почти наверняка выходцы из Архангельской, Вологодской или Вятской губерний.

В современной России фамилия встречается редко, в основном на Урале и в Западной Сибири — туда переселялись поморские крестьяне в XVIII–XIX веках. За границей, в среде русских старообрядцев, форма Поконечных могла сохраниться лучше, чем в метрополии, но подтверждённых данных об этом нет. В любом случае, носитель фамилии может с высокой долей вероятности считать своими предками государственных крестьян Русского Севера, а саму фамилию — меткой, указывающей либо на характер («обычный, уставный»), либо на место («живущий в конце»).