Фамилия Поконин происходит от личного прозвища Поконя, и это типичная модель для русских фамилий на -ин, которые образуются от слов, оканчивающихся на -а или -я. Основа здесь — нарицательное «покон», то есть «исконный обычай, порядок, поверье». Прозвище Поконя могли дать старожилу деревни, который помнил старинные устои, или мудрецу, хранителю традиций и знатоку неписаных законов.

Но у этой фамилии есть и другая, менее очевидная ветвь. Во владимирских говорах поконей называли породистых, племенных животных. Если принять эту версию, прозвище Поконя относится к «профессиональным» именованиям: его мог получить человек, занимавшийся разведением скота или его продажей. Такое прозвище указывало бы не на черту характера, а на род деятельности основателя фамилии, что делает эту гипотезу вполне жизнеспособной для сельской местности.

Третья версия отталкивается от глагола «поконать» — «завершить дело до конца». В этом случае Поконей называли человека решительного, волевого, умеющего доводить начатое до результата. Среди всех гипотез эта выглядит наименее убедительной: глагол «поконать» в значении «убить, прикончить» в некоторых говорах имел негативный оттенок, поэтому вряд ли стал бы основой для уважительного прозвища. Куда правдоподобнее выглядит связь с «поконом» как обычаем или с владимирским обозначением породистой скотины.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Поконин — это «сын Покони» или «человек из семьи Покони». Такая модель широко распространена в северных и центральных русских землях, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на -ов. Точное место и время возникновения фамилии Поконин установить сложно, поскольку фамилии в крестьянской среде закреплялись неравномерно и на протяжении нескольких столетий. Однако сам факт, что прозвище сохранилось в виде фамилии, говорит о том, что предки носителей этой фамилии были заметными людьми в своей общине — либо хранителями традиций, либо успешными скотоводами.