Фамилия Покровницкий вписывается в ряд фамилий на -цкий, которые в большинстве своём указывают на географическое происхождение. Суффикс -цкий — это вариант более распространённого -ский, характерный для польской, украинской и белорусской ономастики. В русской традиции фамилии на -цкий нередко получали выходцы из западнорусских земель или представители духовенства, которое часто образовывало фамилии от названий церковных праздников и храмов.

Основа «Покров-» напрямую отсылает к празднику Покрова Пресвятой Богородицы. В народном календаре это один из важнейших дней, а в топонимике — одно из самых частых названий сёл и церквей. Фамилия Покровницкий означает «тот, кто из Покровного» или «относящийся к Покрову». Вероятнее всего, предок носителя фамилии либо жил в селе или деревне с названием Покровное, Покровка или Покров, либо был приписан к приходу Покровской церкви.

Сравните с однокоренными, но более частыми фамилиями: Покровский, Покровцев, Покровин. Форма Покровницкий отличается редким суффиксом -ницк-. В восточнославянской традиции такой суффикс мог указывать на принадлежность к определённой местности, название которой оканчивалось на -ница (например, Покровница). Такие названия встречаются в Польше и на Западной Украине. Таким образом, фамилия может иметь польское или украинское происхождение, а её носитель — быть выходцем из местности, называвшейся Покровница.

По сословной принадлежности фамилия Покровницкий с большой вероятностью относится к духовенству. В XVIII–XIX веках семинаристы, заканчивая обучение, нередко получали фамилии по названию праздника или храма. Суффикс -цкий был особенно популярен в семинарской среде, так как придавал фамилии «благородное» звучание. Однако не исключён и чисто топонимический вариант: крестьяне или мещане, переселившиеся из села Покровница, могли получить эту фамилию по месту прежнего жительства.

Фамилия редкая. Встречается в основном в западных регионах бывшей Российской империи — на Украине, в Беларуси, а также среди потомков переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке. Сведений о дворянских родах с такой фамилией нет, что подтверждает её преимущественно духовное или крестьянское происхождение.