Фамилия Покушко — редкий пример, где суффикс указывает на географию точнее, чем корень. Окончание «-ко» (в украинском произношении — «Покушко») типично для фамилий, сформировавшихся на территории современной Украины, Беларуси и юга России. Такая модель часто означала принадлежность к роду или указывала на прозвище отца: Покушко — буквально «маленький Пок» или «сын Пока».

Корень «Пок-» ведёт к нескольким версиям, и самая прямая — от глагола «покать» (толкать, пихать) или существительного «пок» (толчок, удар). В северных и центральных говорах «пок» могло означать упрямого, настырного человека — того, кто «прёт напролом». Менее очевидная, но правдоподобная версия: прозвище Пок давали человеку, который постоянно «покал» — стучал, гремел посудой или просто шумно работал.

В некоторых регионах «покушко» — уменьшительное от «пок» (мешок, куль). Тогда фамилия могла закрепиться за торговцем или перевозчиком, который имел дело с мешками: ссыпал зерно, носил товар. Однако эта гипотеза слабее: слово «пок» в значении «мешок» было редким и локальным, в основном в западных говорах.

В отличие от фамилий на «-ов» и «-ин», где суффикс чётко указывает на патроним (чей сын), «Покушко» — типичная украинско-белорусская форма прозвища, которая могла закрепиться без изменений. В документах XVIII–XIX веков встречаются варианты написания: Покушка, Покушко, Покушков — последний уже русифицированный вариант, где добавили «-ов» по московскому образцу.

Известных исторических личностей с этой фамилией нет в открытых источниках, но по концентрации носителей фамилия чаще встречается в Черниговской и Сумской областях Украины, а также у потомков переселенцев на Кубани.