Фамилия Полькова чаще всего отталкивается от мужского имени Полько — краткой формы канонического имени Аполлоний. В переводе с греческого оно означает «губительный», что звучит неожиданно сурово для христианского имени, однако за ним стоит конкретная история: одним из святых покровителей считают мученика Аполлона, который после страданий за веру скончался в темнице ещё в III веке. Краткие формы вроде Полько были обычным делом в русской деревне: полное церковное имя звучало слишком торжественно, поэтому в быту использовали уменьшительные варианты, которые затем закреплялись за потомками через отчество. По этой модели сын Полько становился Польковым, а его дети уже наследовали фамилию без изменений.

Существует и вторая версия, менее связанная с церковным календарём, но не менее живая. Полько могли прозвать человека, который жил в Польше или приехал оттуда на территорию России. Такое прозвище легко прилипало к переселенцу, а его дети получали фамилию Польковы по отцу. Эта версия объясняет фамилию без обращения к греческим именам, но уступает первой по распространённости: краткие формы имён в основе русских фамилий встречаются чаще, чем указания на национальность.

Сам суффикс -ов в фамилии Полькова указывает на типичную модель притяжательности: ответ на вопрос «чей?» — Польков, то есть сын Полько. Женская форма Полькова закономерно закрепилась за женами и дочерьми, хотя в современных документах она чаще всего просто отражает родство по мужской линии. Фамилия не относится к дворянским или редким, но и массовой её не назовёшь — она встречается точечно, в основном в центральной России и Поволжье, где оседали выходцы из западных земель.

Если опираться на словарь Б. Унбегауна и работы В. Никонова, модель «краткое имя + -ов» — одна из самых продуктивных в русской ономастике, так что первая версия выглядит правдоподобнее. Прозвищная гипотеза с Польшей не требует особых доказательств, но оставляет вопрос: почему именно Полько, а не Поляк или Польский, которые тоже встречаются в фамилиях. Скорее всего, предки носителей фамилии Полькова носили имя Аполлоний или его разговорный вариант, и лишь в отдельных семьях прозвище могло указывать на географическое происхождение.