Фамилия Полуханов напрямую связана с прозвищем Полухан, которое носил её родоначальник. Суффикс -ов указывает на типичную восточнославянскую модель образования: так называли сына, внука или потомка человека по прозвищу. Проще говоря, Полуханов — это «сын Полухана», и ответ на вопрос о происхождении фамилии нужно искать в значении самого прозвища.

Слово «Полухан» звучит насмешливо, и тому есть объяснение. В народной речи так могли называть обедневшего человека, который раньше жил в достатке, а то и в богатстве, но разорился. Особенно ярко прозвище звучало в крестьянской среде, где разорившегося помещика, вынужденного теперь самому пахать и обрабатывать землю, иронично величали Полуханом. Ирония здесь горькая: человек словно бы «половину» потерял от своего прежнего статуса, остался лишь «полу-барином». Потомок такого хозяина и получал фамилию Полуханов, которая закрепляла за семьёй память о былых временах и о падении рода.

Существует и другая, менее очевидная версия, которую стоит учитывать. Некоторые исследователи предполагают, что прозвище Полухан могло закрепиться за выходцем из Золотой Орды, который остался жить на русских землях. В этом случае основа прозвища могла быть связана с тюркским именем или титулом, а русское ухо переосмыслило его на свой лад, добавив знакомый корень «пол-». Однако эта гипотеза выглядит менее правдоподобной: для неё нет устойчивых параллелей в древнерусских документах, тогда как ироничное прозвище по социальному положению встречается в ономастике гораздо чаще.

Важно понимать, что фамилии такого типа массово закреплялись в XV–XVII веках, когда у крестьян и служилых людей появлялась необходимость в наследственном именовании. Прозвище Полухан, данное за характерную черту или жизненную историю, переходило к детям и внукам, а затем уже оформлялось в фамилию Полуханов. Сегодня она встречается в разных регионах России, но чаще всего — в областях с давней земледельческой традицией, где подобные прозвища рождались естественным образом.