Фамилия Полухтина — женская форма фамилии Полухтин, и её происхождение напрямую связано с мужским личным именем или прозвищем Полухта. В основе лежит разговорная форма крестильного имени Евтихий (от греческого «счастливый, благополучный»). В народной речи имя Евтихий трансформировалось в Полухтий, а затем и в Полухта — через отпадение начального гласного и упрощение звукосочетания. Такая модель сокращения имён (Евтихий → Полухтий) встречается и в других фамилиях, например, Полуектов (от Евтихий же, но через другую ветвь).

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Полухтин буквально означал «сын Полухты». Это типичная патронимическая модель для центральных и северных русских земель, где фамилии на -ин активно вытесняли более ранние отчества. Встречается Полухтина в основном в Тульской, Рязанской, Калужской областях — регионах, где исторически была высока плотность фамилий на -ин, образованных от канонических имён в народной обработке.

Интересно, что имя Полухта могло закрепиться не только как производное от Евтихия. В некоторых говорах «полухта» означало «неповоротливый, вялый человек» — от слова «полухтаться» (медлить, копаться). Если прозвище давалось по характеру, фамилия могла возникнуть независимо от церковного имени. Однако большинство ономастов склоняются к первой версии: слишком уж регулярно имя Евтихий давало такие формы в документах XVI–XVII веков.

Встречаются и однокоренные фамилии: Полухтин, Полухтов, Полухтинов, Полухтинский. Последняя — редкая, вероятно, дворянская или семинарская, с искусственным суффиксом -ский, который в XVIII–XIX веках добавляли для придания фамилии «благородного» звучания. Простая же Полухтина — крестьянская или мещанская, без сословных претензий.

В дореволюционных метрических книгах фамилия встречается с ударением на второй слог — Полу́хтина, что подтверждает её происхождение от Полухты, а не от «полухта» (вялый), где ударение падало бы на последний слог. Эта деталь — ключевая для различения версий.