Фамилия Полунеев — редкий пример того, как за внешне простой, почти разговорной формой скрывается книжное, церковное происхождение. В основе фамилии лежит не прозвище и не ремесло, а личное имя Полуней, которое, в свою очередь, — сокращенный, обиходный вариант одного из греческих календарных имен. Чаще всего его связывают с именем Полувий (Поливий), что переводится с греческого как «многожизненный». В православные святцы это имя попало благодаря святителю Полувию, епископу Ринокирскому, чья память отмечается 12 мая. Житие приписывает ему дар чудотворения: однажды по его молитве во время засухи пошел дождь и спас урожай, за что народ особенно почитал его как заступника перед Богом.

Однако имя Полуней могло быть и «домашней» версией сразу нескольких других, более распространенных имен. В их числе — Полиевкт, Поликарп и даже Ипполит. Такой разброс объясняется просто: в быту длинные и непривычные для русского уха греческие имена часто усекали до одного-двух слогов, чтобы легче было произносить. Полуней звучало естественно и для крестьянской, и для посадской среды, поэтому под этим именем человека могли записать в переписной книге, даже если при крещении он носил другое имя.

Суффикс -еев в фамилии указывает на притяжательное значение: Полунеев буквально означает «сын Полунея», «чей-то потомок». Это типичная патронимическая модель, которая закрепилась в качестве фамилии у детей и внуков человека по имени Полуней. Такая модель характерна для центральной России и Поволжья, где краткие формы имен легко становились основами фамилий, вытесняя полные варианты.

Любопытно, что фамилия не получила широкого распространения и встречается довольно редко. Это говорит о том, что ее родоначальник жил в относительно небольшой локальной общине, где прозвание по отцу закрепилось без изменений. Если искать аналоги, то к этому же ряду относятся фамилии Полунин, Полухин и Полуянов — все они образованы от разных сокращений одних и тех же или схожих имен. Но Полунеев стоит особняком: в нем сохранилась именно та форма, которая восходит к конкретному имени Полуней, а не к нарицательному слову. Так что, вопреки возможному впечатлению, ничего общего с «половиной» или «полуднем» эта фамилия не имеет — ее корни уходят в греческую агиографию и русскую простонародную традицию переделывать сложные имена на свой лад.