Фамилия Полунеев (в женском роде — Полунеева) происходит от личного имени или прозвища предка Полуней. Чаще всего его связывают с краткой формой канонического имени Полувий (Поливий), которое в переводе с греческого означает «многожизненный». В православный календарь это имя вошло благодаря святителю Полувию, епископу Ринокирскому, чья память отмечается 12 мая. По преданию, за добродетельную подвижническую жизнь он получил дар чудотворений: однажды его молитва остановила засуху и умножила урожай на полях.

Но имя Полуней могло быть и сокращением от других, более распространенных крестильных имен — Полиевкт, Поликарп или даже Ипполит. В народной среде длинные и непривычные на слух имена часто урезали до одного-двух слогов, а затем от этой уменьшительной формы и образовывали фамилию. Суффикс -еев указывает на принадлежность: Полунеев буквально значит «сын Полунея», то есть потомок человека, которого так звали.

Фамилия звучит довольно редко и несёт на себе следы простонародной, бытовой традиции имянаречения, когда церковное имя перекраивали под удобство повседневной речи. Безусловно, она представляет собой памятник славянской культуры, но процесс формирования каждой отдельной фамилии был длительным и не всегда привязан к одной местности. Поэтому окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Полунеев можно лишь на основании серьезных генеалогических исследований, а пока остается довольствоваться лингвистическим разбором, который указывает на глубокие корни в православной традиции.