Фамилия Полунена — редкий случай, когда основа не бросается в глаза, а суффикс подсказывает путь. Ключ к разгадке лежит в окончании -ена. В русской ономастике это не типичный патронимический суффикс (как -ов или -ин), а скорее признак притяжательного прилагательного, образованного от прозвища или имени с помощью суффикса -ен(а). По такой модели возникли фамилии вроде Смирена (от «смирный») или Божена (от «божий»). Полунена, скорее всего, значит «принадлежащий Полуне» или «относящийся к Полуне».

Сама основа «Полун» — самая интригующая часть. Первое, что приходит в голову: связь с прилагательным «полный». Но здесь не «полный», а «полун». В диалектах и старой речи «полун» могло означать человека с избыточным весом, упитанного, дородного. Прозвище Полун давали крепкому, здоровому человеку — не обязательно толстому, скорее «полному сил». Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование: искажённое «полунощник» (полуночник) — человек, который бодрствует по ночам, или, в переносном смысле, неспокойный, беспокойный. Однако для прозвища «полун» такое сокращение слишком сильное.

Географически фамилия Полунена тяготеет к южнорусским и украинским землям, где суффикс -ен(а) в фамилиях встречается чаще, чем на севере. Встречаются варианты написания с одной «н» — Полунена, что только подтверждает народное, а не книжное происхождение. Сословно, скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия: прозвища, образованные от внешних признаков, давали в среде, где человека знали в лицо, а не по бумагам.

Таким образом, перед нами фамилия-характеристика. Предок носителя фамилии Полунена был, по всей видимости, видным, дородным мужчиной, которого в округе звали Полуном. Его потомки стали Полуненами — «полуновыми детьми». Фамилия не потерялась в веках, осталась живым свидетельством того, как внешность или характер человека закреплялись в родовом имени.