Основой фамилии Полунина послужило мирское имя Полуня. Фамилия Полунина образована от мирского имени Полуня, которое является краткой формой канонических мужских имен Полиевкт, Полувий, Поливий, Поликарп, Ипполит. Согласно другой версии, Полуней могли назвать ребенка, родившегося в полночь. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Полуня, со временем получил фамилию Полунина.