Фамилия Полуничев — это отчество второго порядка, то есть «внук Полуни». Цепочка проста: Полуня → Полунич (сын Полуни) → Полуничев (сын Полунича). Такая модель с суффиксом -ич и последующим -ев характерна для северных и новгородских земель, где отчества на -ич не были редкостью. Разбирая фамилию по косточкам, видим: корень Полун-, суффикс -ич, затем уже фамильный -ев.

Само имя Полуня — загадка, и у него есть как минимум две версии происхождения. Первая, церковная, возводит его к каноническому имени Полувий (в греческом прочтении — Поливий), что значит «многожизненный». В православный календарь это имя вошло благодаря святителю Полувию, епископу Ринокирскому, память которого отмечается 12 мая. По житию, за подвижническую жизнь он стяжал дар чудотворений: однажды по его молитве во время засухи пошёл дождь и умножился урожай. Также Полуней могли сокращённо называть носителей имён Полиевкт, Поликарп и даже Ипполит — в народной среде такие усечённые формы были обычным делом.

Вторая версия — бытовая, и она куда прозаичнее. Полуней в некоторых говорах могли назвать ребёнка, родившегося в полночь. Корень «пол-» здесь указывает на половину ночи, на тёмное время суток. Эта версия не менее правдоподобна, чем церковная, ведь прозвища по времени рождения — распространённая практика (сравните с фамилиями Вечеров, Ночкин, Утренний). Выбрать, какая из них верна для конкретного рода, уже невозможно, но обе имеют право на существование.

В исторических документах имя встречается с XVI века. С. Б. Веселовский в своих трудах упоминает: Полуня, крестьянин, 1545 год, Новгород; и Полунина Любава, вдова бортника, 1612 год, Нижний Новгород. Эти записи показывают, что имя бытовало в разных слоях — от крестьян до людей, связанных с промыслами. Запись о вдове бортника особенно ценна: она указывает, что Полунины (и, вероятно, Полуничевы) жили в лесных краях, где собирали мёд диких пчёл.

Сам по себе суффикс -ич в основе фамилии — редкая деталь. Большинство русских фамилий образовано напрямую от имени отца с суффиксом -ов/-ев (Полунин). А вот Полуничев — это уже ступень внука, что говорит о более раннем закреплении прозвища в роду. По сути, фамилия сохранила память о трёх поколениях: деде, отце и том, кто первым получил это родовое прозвание.