Фамилия Полуньков звучит необычно, и первое, что приходит в голову — связь с числом «пол» или «половина». Но на деле её основа, скорее всего, не числительное, а личное имя или прозвище. В русских говорах «полунька» — это ласкательная форма имени Полуня, которое, в свою очередь, является производным от канонического имени Ипполит. Ипполит в народной речи часто сокращался до Поля, Полуня, а уменьшительный суффикс -к- давал форму Полунька. Таким образом, Полуньков — это «сын Полуньки», то есть потомок человека, которого в быту звали Полуней.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель отчества-фамилии, закрепившуюся в XV—XVII веках. Фамилия образована от прозвища или нецерковного имени, которое давали по внутрисемейному обычаю. Встречается она в основном в центральных и южнорусских областях, особенно в бывших Курской, Орловской и Воронежской губерниях. Там же, к слову, распространены однокоренные фамилии Полункин, Полунин, Полунцев — все они восходят к тому же источнику.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с диалектным словом «полунька» — так в некоторых местах называли небольшую полынью или прорубь. В этом случае прозвище Полунька мог получить рыбак или человек, живший у воды. Но эта гипотеза слабее, потому что фамилии от названий природных объектов обычно оформляются через суффикс -ин (пример: Полыньин), а не -ов.

Важно и то, что фамилия Полуньков не имеет отношения к польскому или украинскому «полунок» (половинка) — это народная этимология, не подтверждённая историческими документами. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне с именем Полунька, и именно от них, скорее всего, пошёл этот фамильный ряд. Так что предки современных Полуньковых — обычные русские крестьяне или посадские люди, носившие простое обиходное имя, которое со временем закрепилось за их родом.