Фамилия Полын — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия, а растение, и при этом без типичного фамильного суффикса. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, которые оканчиваются на -ов, -ев, -ин или -ский, Полын — «чистая» основа, то есть прозвище или мирское имя, которое напрямую стало фамилией. Такая модель встречается реже и обычно указывает на то, что фамилия закрепилась в крестьянской среде, где человека могли назвать по характерной черте, внешности или любимому слову, не переделывая слово в притяжательную форму.

Слово «полын» — это народный, усечённый вариант от «полынь». В говорах так называли горькую траву, а переносно — очень горького, едкого, неприятного в общении человека. Второе значение — «полынный дух», запах, который мог пристать к тому, кто работал с травой, жил в степи или держал скотину. Таким образом, прозвище Полын могли дать либо горькому на язык, сварливому человеку, либо тому, чья жизнь была связана с полынью: пастуху, знахарю, травнику.

Есть и более прозаичная версия: фамилия могла возникнуть из топонима — названия деревни или урочища, где росла полынь. В русских говорах встречаются названия вроде Полыновка, Полынки, Полынное. Если человек переселился из такого места, его могли записать просто по месту выхода: «Иван из Полына» — отсюда и Полын. Эта версия слабее, потому что обычно выходцы из деревень получали фамилии на -ский (Полынский), но в устной речи фамилия могла сократиться.

С точки зрения географии, фамилия Полын — южнорусская и украинская. Она встречается в Воронежской, Ростовской областях, на Кубани, а также в Харьковской и Полтавской губерниях. Это объяснимо: степи и лесостепи, где полынь — привычное растение, давали и прозвища, и названия поселений. В северных регионах фамилия практически не фиксируется.

В ономастических справочниках фамилию Полын нередко путают с Полыновым, считая её усечённой формой. Однако это самостоятельная единица: в метрических книгах XIX века встречаются параллельные записи — и Полын, и Полынов, причём в одной семье. Это говорит о том, что фамилия ещё не устоялась, и писарь мог добавить суффикс -ов по привычке, а мог и оставить как есть. Так что Полын — не ошибка, а архаичная, «неоглаголенная» форма, сохранившая живое прозвище.

Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, они были либо крестьянами из чернозёмных губерний, либо казаками. Прозвище Полын не несло в себе ничего обидного — в народной среде горький вкус ассоциировался с прямотой и неуступчивостью, а не со злобой.