Фамилия Полынин образована от прозвища Полынь, которое восходит к аналогичному нарицательному. Название «полынь» лингвисты производят от древнего глагола «полети», что значит «гореть». Происхождение латинского названия обязано греческой богине Артемиде, покровительнице рожениц. Мясо дичи маринуют в полынном отваре. Очевидно, что прозвище Полынь получил человек, живший в зарослях полыни, либо знахарь, собиравший лекарственные растения. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Полынь, со временем получил фамилию Полынин.